GNU/Linux utilise des formats en natif propre à son système, mais tous vos fichiers tels que .doc, .txt, .xls, .mp3, .jpg, .avi, .gif, ... sont complètement compatibles. Tous vos fichiers créés précédemment avec votre système actuel sont utilisables et modifiables avec GNU/Linux. Vous ne perdez pas vos fichiers en changeant vers Linux. Les images .iso, les fichiers audio ou vidéo sont les mêmes, vous utilisez seulement d'autres logiciels pour les visualiser. Vous pouvez même utiliser en alternance un même fichier situé par exemple sur une clé usb avec plusieurs systèmes différents.